Para Eliminar correos x cantidad de dias en WHM / cPanel SSH.
Solo debes modificar el +1000 por la cantidad de dias que requires eliminar:
find /home/*/mail -type f -mtime +1000 | xargs rm -vf
Si es para eliminar los mails del último año:
find /home/*/mail -type f -mtime +365 | xargs rm -vf